【第1幕】森で大蛇に襲われ、恐ろしさの余り気絶してしまった王子タミーノ。そこに夜の女王に仕える3人の侍女がやってきて大蛇を退治し立ち去る。タミーノが目覚めると大蛇が死んでいるのにびっくり。やってきた鳥さしのパパゲーノに尋ねてみると、大蛇を退治したのは自分だと誇らしげに語る。が、それは嘘で、罰として3人の侍女がパパゲーノの口に鍵をかけてしまう。3人の侍女は、夜の女王の娘パミーナの肖像画をタミーノに見せ、邪悪なザラストロにさらわれた彼女を救ってほしいと願う。パミーナに一目惚れしたタミーノは引き受ける。お礼に夜の女王は、タミーノに魔法の笛、口の鍵の解けたパパゲーノに銀の鈴を授ける。
ザラストロの神殿にいるパミーナのもとにパパゲーノが行き、タミーノが助けにくることを伝える。喜ぶパミーナ。タミーノは神殿の門に到着するが、弁者によれば、ザラストロは暴君ではなく賢人で、高慢な夜の女王からパミーナをかくまっているのだという。そしてザラストロが登場。タミーノとパパゲーノは神殿に招き入れられる。

【第2幕】タミーノは、徳と正義を得るため神殿で試練を受けることに。これを経れば妻に会えると言わたパパゲーノも、しぶしぶ承諾する。一方パミーナのもとには夜の女王が現れ、ザラストロを殺せ、と命じて短剣を渡す。悩むパミーナに、ザラストロは、神殿では愛だけが暴力に打ち勝つ、と語る。タミーノとパパゲーノの最初の試練は、喋ってはいけない「沈黙」の試練。タミーノはパミーナとも喋れず、次の試練のため彼女と別れねばならない。彼の態度にパミーナは絶望して自殺をはかるが、3人の童子が止める。その後タミーノとパミーナは再会し、最後の「火」「水」の試練を2人で乗り越える。女房がほしいとぼやくパパゲーノは試練などお構いなしだが、努力は認められ、伴侶のパパゲーナと出会う。夜の女王たちは滅び、ザラストロ、タミーノ、パミーナたちは神を讃える。